Junto a seu capitão, você poderá aprender habilidades extras conhecida como maestrias, as maestrias são habilidades que poderão melhorar seu desempenho, no entanto não serão listadas podendo ser criadas diversos tipos.

As Maestrias são habilidades que podem ser treinadas, o ninja pode ter no máximo 4 maestrias, incluindo as do clã, cada maestria inicia com nivel 1, e poderá receber pontos de maestria, que serão distribuidos ao longo da história